Государственное автономное учреждение Новосибирской области «Фонд поддержки молодежных инициатив» было создано 27 января 2010 года. А 27 февраля у Фонда состоялось торжественное открытие - в офисе по адресу Серебренниковская, 31/1 собрались люди, которые имели прямое отношение к созданию новой организации. В августе 2011 года произошла реорганизация Фонда, и теперь он носит статус государственного бюджетного учреждения Новосибирской области «Агентство поддержки молодежных инициатив».

Управление по делам молодежи Новосибирской области возложило на руководство Агентства ответственность за реализацию трех приоритетных направлений: развитие молодежного предпринимательства, медиа-сферы (журналистика, PR, блоги), инноваций, а также привлечение внебюджетных средств к проектам направленных на реализацию государственной молодежной политики на территории Новосибирской области.